La estructura organizativa de RETE se basa en el modelo «network» y está formada por instituciones y personas afiliadas a la Asociación, que actúan como sus «Nodos operativos”.
La arquitectura de este modelo operativo innovador cuenta con dos entidades específicas: los «Nodos Locales«, que incluyen a todos los miembros de RETE, y los «Nodos Avanzados«, que se refieren a los miembros o grupos de miembros con mayores responsabilidades en la investigación y la gestión de iniciativas.
La Asociación es dirigida por la Junta de Gobierno que es el órgano ejecutivo de RETE, encargado de programar, dirigir y ocuparse de la gestión administrativa y económica de las actividades por un mandato de dos años. Está formada por el Presidente, 2 Vicepresidentes, 6 Vocales. La integran el Secretario General, el Director del Comité Científico y los Directores de las revistas.
Las actividades se definen con un programa anual elaborado por el Comité Científico formado por expertos de renombre.
La gestión diaria de la Asociación se confía a la Secretaría Administrativa y Organizativa que se encarga también de la comunicación y divulgación de las actividades técnico-científicas de RETE.
